要在深圳市办理医疗器械注册证，您可以按照以下一般步骤进行：

1、准备材料：根据深圳市药品监督管理局（深圳FDA）的要求，准备相关的材料和文件，包括但不限于：

产品注册申请表

产品注册文件（包括技术资料、性能验证报告、质量控制文件等）

产品质量管理体系文件（如质量手册、操作规程等）

产品标签和包装样本

产品的法定代表人授权委托书

进口产品的原产地证明文件等

2、资料审核：将准备好的申请材料提交给深圳FDA进行资料审核。他们将对您的文件进行审查，确保其完整性和符合要求。

3、实地检查：深圳FDA可能会要求进行实地检查，以核实您的生产设施和质量管理体系是否符合要求。他们可能会检查您的设备、生产流程、质量控制措施等。

4、技术评价：深圳FDA可能会委托专业机构对您的医疗器械进行技术评价，以确保其安全性和有效性。

5、审批和证书颁发：经过审核和评估后，深圳FDA将根据结果做出决定。如果申请获批，他们将颁发医疗器械注册证书，并将您的产品列入深圳市的医疗器械注册目录中。

请注意，具体的办理流程和所需文件可能会因不同类型的医疗器械和规定的变化而有所不同。因此，建议您在办理注册证过程中咨询深圳FDA或专业的医疗器械注册咨询机构，以获取准确和最新的指导和要求。