甲醛灭菌器的MDR CE认证（欧洲医疗器械监管条例认证）办理流程如下：

1.      确定产品分类和适用模块：根据甲醛灭菌器的特性和用途，确定其在欧洲医疗器械分类规则中的分类，并确定适用的模块。MDR对医疗器械分类和模块的要求提供了详细的指导。

2.      进行技术文件评估：根据适用的模块，准备和整理技术文件，包括产品说明、技术文件、设计文件、安全性和性能评估报告等。确保文件满足MDR的要求。

3.      选择合格的认证机构：选择一家经过认可的认证机构，该机构将负责对甲醛灭菌器进行评估和审核。确保认证机构具有相关的认证能力和经验。

4.      进行初步评估（Conformity Assessment Procedure）：由认证机构进行初步评估，包括评估技术文件的完整性和符合性。这可能包括文件审查和现场评估。

5.      进行产品评估：认证机构将对甲醛灭菌器进行评估，以验证其符合MDR的基本要求，如安全性、性能和临床评估等。

6.      制造过程评估（如果适用）：对生产过程进行评估，以确保产品的一致性和质量管理体系符合要求。

7.      风险管理评估：对甲醛灭菌器的风险管理体系进行评估，包括风险分析、风险控制和风险评估等。

8.      编制CE证书和技术文件：如果认证机构确认甲醛灭菌器符合MDR的要求，他们将颁发CE证书并编制技术文件。