要将金属髓内钉出口到日本并办理PMDA（日本医疗器械及药品管理局）认证，以下是一般情况下的办理流程：

委托代理：作为境外企业，通常需要委托在日本注册的代理机构作为您的代表，协助您进行申请和认证过程。代理机构应具备相关的资质和经验，并能协助您与PMDA进行沟通。

准备申请文件：根据PMDA的要求，准备申请文件，包括产品资料、技术规格、成分、制造工艺等。确保文件的准确性和完整性。

注册为进口商：在申请PMDA认证之前，您需要在日本注册为进口商。这是确保您在日本市场上合法经营的前提。

申请递交和审查：将申请文件和相关资料递交给PMDA或您的委托代理。确保递交的文件符合PMDA的要求和格式。

技术评估和文件审查：PMDA将对您的申请文件进行技术评估和文件审查，以验证产品的安全性、有效性和合规性。您可能需要提供相关的测试报告、验证资料等。

GMP认证：PMDA通常要求医疗器械制造商具备良好的生产规范（GMP）。您可能需要获得相关的GMP认证，以证明您的生产过程符合质量管理要求。

技术审查和实地检查：PMDA可能会对您的申请进行技术审查，并可能进行实地检查，以验证您的生产工厂符合卫生和质量控制标准。

认证许可：如果您的申请通过了PMDA的审查和评估，您将获得PMDA的认证许可。该许可将确认您的金属髓内钉在日本市场上合法销售和使用。